Voornamelijk sinds Bondams benoeming tot hoogleraar aan de Utrechtse hogeschool in 1773, kwam het tot steeds meer deponeringen van originele archivalia bij de hooggeleerde thuis in Utrecht. De bekendste is wel de uitlening van de Gelderse charters, berustende in het archief van de Rekenkamer (dat wil zeggen het "oud-archief" van het gewest), die door de charterbewaarder Gerard van Hasselt vóór de verzending willekeurig werden genummerd, een nummering die nog tot in 2020 in zwang was (inv.nr. 6, 42, 43). Bij de dood van Bondam bevond een groot aantal originelen zich nog te Utrecht en het heeft het Departementaal Bestuur van Gelderland, nadat het daar - eindelijk - op attent was gemaakt door de opnieuw in functie zijnde charterbewaarder Van Hasselt, heel wat moeite gekost voor de oorkonden en andere archivalia in Arnhem waren teruggekeerd (zie 0505 Handschriften Rijksarchief in Gelderland, inv.nr. 305). Uit de bij die onderhandelingen van zoon Rutger Bondam min of meer afgedwongen "Inventaris van alle ... charters ... etc. allen betrekkelijk de Provincie van Gelderland, nagelaten en gevonden in de Bibliotheek wijlen mijnen vader ..." blijkt dat het in de kamer van professor Bondam tjokvol archivalia en andere papieren moet hebben gelegen, als alleen de Gelderse stukken zo'n hoeveelheid vormden. In 1805 zijn de meeste originelen en waarschijnlijk de grote serie afschriften van de erven Bondam teruggekocht voor de prijs van ƒ 525,=, te betalen door het Rijk en het departement, ieder voor de helft.

Vele andere manuscripten waren in 1800 aangekocht door Bondams opvolger als hoogleraar in de rechten, Hermannus Arntzenius (geboren Zutphen 1765; overleden Utrecht 1842), die dit trouw aantekende, compleet met het nummer van de auctie-catalogus. Via de rijksarchieven in Groningen en Drenthe kwamen deze stukken aan het einde van de vorige eeuw naar Arnhem. Ook Bondams leerling Van Musschenbroek verwierf vele manuscripten, die via de aankoop door de beroemde verzamelaar Phillips voor een groot deel in het Engelse Cheltenham belandden, daar door het Utrechtse rijksarchief werden teruggekocht en voor een deel aan Arnhem doorgezonden. Tot de collectie Bondam worden ook gerekend de manuscripten die in zijn bibliotheek aanwezig waren en door hem van een titelblad etc. of marginale aantekeningen waren voorzien. Zij werden her en der in de Handschriftenverzameling aangetroffen. Tenslotte zijn bij de collectie gevoegd een groot aantal kopieën van elders berustende manuscripten betreffende Gelderland, waaronder het voorbericht van het Gelderse charterboek (inv.nr. 113) en een aantal tekeningen van zegels die een in Arnhem berustende collectie goed aanvulde (inv.nr. 91).