Als TNO-instituut had het ITBON geen rechtspersoonlijkheid, maar wel een eigen bestuur. In de tijd dat het een TNO-instituut was, werd het ITBON bestuurd door een "Centraal Comité". Het Insectenplagencomité werd op het ogenblik van de oprichting van het ITBON opgeheven en tegelijkertijd door het Centraal Comité ongewijzigd wederingesteld (art. 5 van het 'reglement' *  ) als zelfbesturend comité van het ITBON. Als secretaris van het Centraal Comité zou optreden de directeur van het Insectenplagencomité (art. 4) en blijkens art. 10 zou die directeur dr. A.D. Voûte zijn.

In 1946 werd het z.g. Iepenziektecomité in het ITBON opgenomen als zustercomité van het Insectenplagencomité. Met ingang van 1956 werd het comité ingedeeld bij het Bosbouwproefstation "De Dorschkamp" TNO.

Het ITBON zelf had in 1948 het comité voor Jachtonderzoek en het Comité voor Duinonderzoek opgericht. Ook zij waren zelfbesturend. Deze comités zijn nooit opgeheven, maar in feite bestaan ze niet meer. De werkzaamheden van het ene zijn opgegaan in de afdeling Wildbiologie, die van de andere in de afdeling Landschapsecologie. Al deze zelfbesturende comités hadden mede tot taak om belangstelling van de belanghebbenden te wekken en hen tot het verlenen van bijdragen te stimuleren.

Toen het ITBON onder het Ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij ging ressorteren, werd het steeds moeilijker om bijdragen van particulieren te krijgen. Toch bleek contact met deze groep van belanghebbenden noodzakelijk. Om deze redenen is afgestapt van het stelsel van zelfbesturende comités en is overgegaan tot het oprichten van discussiegroepen. Zo is in 1961 ingesteld een "Discussiegroep Wildproblemen", waarin onderzoekers en jagers wildproblemen en jacht bespraken.

Had tot 1949 het ITBON rechtstreeks gestaan onder de Centrale Organisatie TNO, in dat jaar werd het administratief ondergebracht bij de Landbouworganisatie TNO. In feite behoorde het reeds eerder hiertoe, daar de voorzitter van laatstgenoemde Organisatie als lid van het dagelijks bestuur van de Centrale Organisatie was belast met de bemoeienissen van het Instituut. ITBON ressorteerde onder TNO tot midden 1957.

In 1957 werd overgegaan tot een grondige reorganisatie van het landbouwkundig onderzoek. De Landbouworganisatie TNO werd opgeheven en vervangen door de Nationale Raad voor Landbouwkundig Onderzoek TNO. Alle betrokken instellingen van onderzoek werden autonome ministeriële stichtingen ressorterend onder de Directie van de Landbouw van het Ministerie van Landbouw, Visserij en Voedselvoorziening. Het ITBON kwam te behoren tot de Afdeling Algemene Zaken van die Directie. Genoemde Nationale Raad, die de minister adviseerde over het gehele landbouwkundige onderzoek, coördineerde ook de werkzaamheden van het ITBON met die van de andere instituten en adviseerde over begroting en werkplannen.

Tegelijk met de verandering van status van het Instituut werd het Centraal Comité vervangen door een bestuur van overwegend dezelfde samenstelling. Het bestuur had spoedig na zijn intrede een college weten te vormen voor het uitbrengen van advies over de werkplannen en over het onderzoek.

Ook een aantal inwendige reorganisaties zijn wenselijk gebleken. De groei van de werkzaamheden maakte het nodig een nauwere binding te verzekeren tussen de onderzoekers die gezamenlijk één probleem bewerken. In 1956 werden daarom afdelingen gevormd, en wel de volgende vier:
- Bovengrondse levensgemeenschappen,
- Levensgemeenschappen van de bodem,
- Wildschade en beheer van de wildstand,
- Insectenplagen in bossen.

In 1957 werd ITBON een stichting onder het Ministerie van Landbouw, Visserij en Voedselvoorziening, met behoud van een eigen bestuur. Een zekere mate van autonomie is hierdoor gewaarborgd. Voorzitter van het bestuur was van 1940 tot 1960 prof. dr. G.A. van Poelje (sindsdien erevoorzitter), die is opgevolgd door P.M.L. Tammes.

In een Ministerieel Besluit van 24 juli 1969 *  gaven de ministers van Landbouw en Visserij en van Cultuur, Recreatie en Maatschappelijk werk hun voornemen te kennen om de Stichting Instituut voor Toegepast Biologisch Onderzoek in de Natuur (ITBON) te Arnhem en het Rijksinstituut voor Veldbiologisch Onderzoek ten behoeve van Natuurbehoud (RIVON) in Zeist te verenigen tot het Rijksinstituut voor Natuurbeheer (RIN) en dit te plaatsen onder het Staatsbosbeheer.

Het RIVON werd in 1957 opgericht. Het ontstond uit de noodzaak voor het Staatsbosbeheer meer biologisch onderzoek te doen verrichten, dat de grondslag moest zijn voor het overheidsbeleid inzake het natuurbehoud en het beheer van natuurreservaten.

Op verzoek van de minister van Landbouw en Visserij besloot het bestuur van het ITBON in haar vergadering van 27 augustus1969 tot opheffing van de stichting over te gaan. Op 1 oktober ving het nieuwe Rijksinstituut voor Natuurbeheer zijn werkzaamheden aan onder de directie van prof. dr. D.J. Kuenen.

Het instituut had een algemeen directeur en twee directeuren resp. voor de vestigingen te Arnhem en te Leersum. De taakverdeling was zodanig dat de algemene directeur zoveel mogelijk de organisatorische contacten buiten het instituut en de algemene landelijke commissies verzorgde, en de twee directeuren, zij het ook ieder in de eerste plaats per vestiging, gezamenlijk het interne beleid zouden behartigen.

Er was een Programmeringscommissie, waarin functionarissen van de Ministeries van Cultuur, Recreatie en Maatschappelijk werk en van Landbouw en Visserij zitting hadden, welke commissie toezicht hield op het reilen en zeilen van het Instituut.

Er was een Wetenschappelijke Begeleidingscommissie waarin acht hoogleraren zitting hadden die elk bevoegd waren te oordelen over de wetenschappelijke inhoud van tenminste een deelgebied van het onderzoek dat op het instituut werd verricht.
In 1976 nam D.J. Kuenen afscheid als algemeen directeur *  . Als opvolger trad op 1 mei 1977 prof. dr. A.J. Wiggers in functie.

Op 15 mei 1985 nam de algemeen directeur dr. A.J. Wiggers *  afscheid van het instituut in verband met zijn benoeming tot hoofd van de Sector Natuurlijke Hulpbronnen tevens plaatsvervangend directeur van de Directie Landbouwkundig Onderzoek. Ter gelegenheid van dat afscheid werd de instelling aangekondigd van de dr. A.J. Wiggers-prijs. Deze prijs zal eens in de drie jaar worden uitgereikt aan een Nederlandse man of vrouw die zich verdienstelijk heeft gemaakt op bestuurlijk of organisatorisch vlak ten behoeve van het natuurbehoud en/of ecologisch verantwoord milieubeheer.

Met ingang van 1 maart 1986 werd dr. A.B.J. Sepers benoemd tot directeur van het instituut. De Directie Landbouwkundig Onderzoek *  maakte een begin met het opstellen van een Ontwikkelingsplan dat prioriteiten zou aangeven voor het landbouwkundig onderzoek en tevens de daarmee samenhangende organisatorische veranderingen zou beschrijven. Ook het onderzoekprogramma van het RIN kwam in dit Ontwikkelingsplan aan de orde.

Per 1 juli 1986 werd het stafbureau Internationale Samenwerking opgericht. De taak van dit stafbureau bestond voor een belangrijk deel uit coördinatie. Het instituut had een aanzienlijk aantal buitenlandse contacten. Ook vond daadwerkelijk onderzoek in het buitenland plaats.

In juni 1990 werd door de departementsleiding van het Ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij besloten tot een ingrijpende herschikking van de taken op het gebied van natuur, milieu, bos en landschap. Hierbij werd ten behoeve van een goede doorstroming van kennis en informatie ook voorzien in de oprichting van een kenniscentrum.

Het Rijksinstituut voor Natuurbeheer had een vestiging in Arnhem met de afdelingen:
- Redactie,
- Financiële en Materiele Zaken,
- Technische Dienst,
- Stafafdeling Personeelszaken,
- Dierecologie,
- Ecotoxicologie,
- Stafbureau Chemische Analyse en Informatieverwerking,
- Stafbureau Internationale Samenwerking.

De vestiging in Leersum huisvestte de afdelingen:
- Botanische Ecologie,
- Hydrobiologie,
- Landschapsecologie,
- Adviezen en Algemeen Onderzoek.

De Afdeling Bibliotheek en Documentatie was over beide vestigingen verdeeld. De Afdeling Estuariene Ecologie was gevestigd op Texel.