Secretariaat

De administratieve taak van het museum berustte in hoofdzaak bij het secretariaat, dat rechtstreeks ressorteert onder de directeur. Het secretariaat draagt zorg voor de administratieve afhandeling van de zaken van directie en wetenschappelijke staf. De directiesecretaresse is tevens beheerder van het dynamisch archief.
Het semistatisch archief was opgeslagen op de 'archiefzolder', gelegen op de tweede verdieping van de linkervleugel langs de Koningslaan (vertreknummer 666G). De supervisie over het semistatisch archief berustte tot zijn pensionering in juni 2013 bij de intendant van het museum. Na diens vertrek is de bibliothecaris gevraagd deze taak op zich te nemen.
Het secretariaatsarchief was tot aan de verzelfstandiging van het museum ontsloten volgens richtlijnen verstrekt door het Ministerie van CRM, later WVC. Nadien is een andere methodiek gevolgd en sinds 2013 wordt alleen nog digitaal gearchiveerd.

Collectiebeheer

De administratie van de museale collecties valt onder de afdeling Collectiebeheer en wordt beheerd door het hoofd van de afdeling. De enige uitzondering hierop is de administratie van het Museum van de Kanselarij der Nederlandse Orden (MKNO), die behoort tot het domein van de conservator MKNO.
Tot de de werkzaamheden van de afdeling Collectiebeheer behoren de administratieve verwerking (registratie) van de museale voowerpen, de administratie van aankopen en schenkingen en de administratieve afhandeling van het inkomende en uitgaande bruikleenverkeer. De administratie van de afdeling Collectiebeheer is in zijn geheel aan te merken als dynamisch archief.
In de jaren voor de verzelfstandiging vonden de werkzaamheden vooral op papier plaats en werd er gearchiveerd volgens de gangbare normen van museaal beheer (inventarisboeken en kaarten). Vanaf 1991 is overgegaan op geautomatiseerde gegevensverwerking en digitale dataopslag.

Andere afdelingen

Andere archiefvormende onderdelen van het museum zijn de afdelingen Financiële administratie en Personeel & Organisatie. Beide afdelingen dragen zelf zorg voor het beheer van de door hen gevormde archieven.

De verwerving van het archief

Het archief is in 2017 door het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap overgebracht naar het Gelders Archief, krachtens artikel 12 van de Archiefwet 1995.