De taak van het polderbestuur van de Duist bestond in hoofdzaak uit het houden van toezicht en het voeren van schouw. Slechts van enkele werken kwam het onderhoud ten laste van de polder: de Duister sluis in de Veendijk, en vanaf 1706 de Coenraadswetering met de bruggen aan begin en einde daarvan en de kaden erlangs. Over de onderhoudslast van de Haarse brug werd al eerder gesproken; deze berustte van 1693 tot 1811 bij het college van Gecommitteerden tot het maken en onderhouden van de Bunschoter Neer- en Nieuwe weg. Daarna ontstond er een geschil over het onderhoud van de brug tussen de gemeente Bunschoten en de polder De Duist, dat nog niet was opgelost, toen de polder in 1861 opging in het waterschap Duist-Nieuweland.

De waterlozing van de Kalveense landen en de heul in de Hogesteeg werden blijkens het ontwerp- schouwreglement van 1845 door de polder De Duist onderhouden, terwijl de onderhoudslast voor de waterkering de Hogesteeg rustte op de eigenaar van de gelijknamige hofstede *  .

Voor het overige waren de aangelande geërfden belast met de onderhoudplicht van wegen, sloten, weteringen en de Laakkade onder de schouw van de heemraden of van schout en schepenen van Duist, De Haar en Zevenhuizen. In 1845 schouwden eerstgenoemden de waterlozing van de Kalveense landen vanaf de waterkering de Hogesteeg tot aan de Westerlakersteeg en van daar tot de wetering langs de Zevenhuizer- of Nieuweweg, deze wetering voor zover gelegen in de gemeente Bunschoten, de Coenraadswetering, de tochtsloot van de Zevenhuizerweg naar de Haarse brug, alle leisloten, de Laakkade zowel onder Duist als onder Bunschoten, de Achterhoekseweg vanaf de Ketel of Zandhaar tot aan de Laak (d.i. tegenwoordig de weg de Hogesteeg), de waterkering de Hogesteeg en de Groeneweg vanaf de Smeerweg tot aan de Veendijk.

Onder de schouw van schout en schepenen vielen de wetering langs de Neerweg van de Hogehaard tot aan de Haarse brug, de Lange wetering van daar tot de Jan Dommenssluis, deze sluis zelf, de wetering langs de Zevenhuizer- of Nieuweweg voor zover gelegen in het gerecht Duist c.s. en deze weg zelf *  . Het college van Gecommitteerden tot het maken en onderhouden van de Bunschoter Neer- en Nieuweweg voerde tussen 1693 en 1811 schouw over de Neerweg en over de Nieuweweg met de wetering en sloot daarlangs, alsmede over de Coenraadswetering. De twee oudste heemraden van De Duist traden op als gecommitteerden in het college *  .

Het midden van de 18e eeuw was een heel slechte tijd voor de veeteelt, waarin ook de Eemlandse lage landen werden geteisterd door veeziekte. Het onderhoud van waterstaatswerken werd waarschijnlijk door de geërfden verwaarloosd. In 1740 verkregen de polderbesturen van De Duist, De Haar, De Slaag, Over- en Neerzeldert, De Hond en Het Nieuweland machtiging van de Gedeputeerden der Staten van Utrecht om de parate executie van schouwboeten en van kosten van aanbestede kwaadgeschouwde onderhoudswerken op het gewin van de derde penning te laten doen door de dijkbode, daar de schouten dikwijls onwillig waren om de executie uit te voeren *  .

De sluis in de Veendijk. Aangelegd in 1492, werd deze in 1546 vernieuwd *  . Na de doorbraak van de Veendijk in 1577 werd de sluis door de geërfden van De Duist hersteld *  . De waterlozing door de sluis voldeed echter niet goed. Daarom werd in 1706 een andere oplossing gezocht in de aanleg van de Coenraadswetering. De sluis werd later gedicht. Maar ook de nieuwe waterlossing voldeed niet, zodat in 1848 en 1857/58 weer plannen werden gemaakt om opnieuw een sluis in de Veendijk te leggen. Dat ging niet door, omdat het bestuur van de Bunschoter Veen- en Veldendijk hiervoor geen toestemming wilde verlenen *  .

De Coenraadswetering. Op 19 september 1706 werd door de heemraden van De Duist aanbesteed het graven van een rijnsloot vanaf de Nieuwewegswetering tussen de Zuidwindse landen (eigendom van het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk) aan de zuidkant en Wouter Koenen aan de noordzijde naar de Spakenburgergracht *  . Tegelijk werd een bruggetje gemaakt in de Nieuweweg en een duiker door de Spakenburgerweg. Daar het water van de Duist nu geloosd werd via de spuisluis en haven van Spakenburg, werden de ingelanden in 1771 verplicht mee te dragen in de omslag voor het onderhoud van de haven, zij het dat zij slechts de helft betaalden van de omslag, die gold voor de landerijen onder Bunschoten. Na 1861 maakte het nieuwe waterschap Duist- Nieuweland om dezelfde reden deel uit van het waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee.

De waterlossing van de Kalvenen. In 1736 besloten de geërfden van De Duist de heul, die in 1693 was gelegd in het dijkje de Hogesteeg, te verleggen naar het midden van die steeg en van daar een sloot te graven naar de oude wetering *  . De Duist had in 1693 de overeenkomst met de geërfden van de Kalvenen gesloten om de overlast door onrechtmatige waterlossing vanuit Hoogland in de hand te kunnen houden, maar deze overlast bleef bestaan, ook na het verkrijgen van schouwrecht over de Achterhoekseweg in 1710. De dijk de Hogesteeg werd nogal eens doorgestoken, waardoor water uit de landen ten oosten van de Achterhoekseweg (tegenwoordig genoemd de Hogesteeg) en ten noorden van de Veenweg, en uit de landen ten zuiden van de Kalveenseweg in De Duist liep.

In 1846 besloten de ingelanden van De Duist die van Hoogland aan te zeggen hun heulen in de Kalveenseweg zo spoedig mogelijk te verwijderen *  . Pieter Hilhorst weigerde dit te doen, hetgeen leidde tot een langdurig proces, dat tenslotte in 1858 door de polder De Duist werd verloren *  . De kwestie had toen al wel gedachten over de noodzaak van een reorganisatie van de waterstaatkundige toestand gewekt, omdat immers de onrechtmatige lozing van de betrokken Hooglandse landerijen bleef bestaan en de uitwatering van De Duist zelf ook niet voldeed.

Een commissie van ingelanden bracht in 1858 een rapport hierover uit, waarin een plan naar voren werd gebracht voor de vorming van een nieuw waterschap van de landen onder Hoogland (die al rechtmatig of onrechtmatig loosden op De Duist), Boven- en Beneden Duist, Zevenhuizen en Bunschoten te Veen, ten behoeve van de aanleg en het onderhoud van een directe waterlossing voor het hele gebied langs de Nieuweweg in zee middels een sluis in de Veendijk. Mede met het oog op de mogelijkheid dat de afwatering van de Gelderse Vallei op de Eem gebracht zou worden, werd in het rapport ook voorgesteld een stoomgemaal op te richten voor alle Eemlandse polders *  . Van deze plannen is niets gekomen. Spoedig daarna kwamen er van de kant van het provinciaal bestuur initiatieven voor de reglementering van de waterschappen in Eemland, waarna in 1861 het waterschap Duist-Nieuweland werd opgericht.

Betrekkingen met het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk. De polder De Duist lag binnen de ring van het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk en de geërfden droegen dan ook bij in de omslag voor de Veendijk sinds 1578 en voor de Veldendijk sinds 1603. Zij schikten zich niet altijd even gemakkelijk daarin. Tussen 1609 en 1611 rees er een conflict met het dijkbestuur, daar de heemraden van De Duist wensten, dat het afhoren van de rekening van de dijken en de uitzetting van de omslag mede ten overstaan van de polderheemraden zou geschieden *  .

Op dit punt kregen zij niet hun zin, maar op het punt van het recht om zelf hun collecteur voor het zeedijkgeld te mogen aanstellen, lukte dat wel. Oorspronkelijk had het dijkbestuur alle polderbesturen opgedragen zelf collecteurs te benoemen, die het ingezamelde zeedijkgeld dienden af te dragen aan de generale dijkpenningmeester. Maar al spoedig bleek, dat het geld zo veel te traag binnenkwam. Pogingen van dijkgraaf en heemraden om de benoeming van de collecteurs alsnog aan zich te trekken, hadden alleen succes voor wat betreft de polders onder Bunschoten. In 1680 erkenden zij bij overeenkomst het recht van de polders De Duist, De Haar, Neerzeldert en Het Nieuweland om zelf hun collecteurs te benoemen *  .

De Laakkade vormde een ander onderwerp van overleg tussen het dijkbestuur en de heemraden van De Duist, omdat bij doorbraak of overloop daarvan het hele gebied van het hoogheemraadschap kon onderlopen. Het archief van het hoogheemraadschap bevat verschillende aanwijzingen van bemoeienis met de Laakkade. Zo bestonden er ca 1669-1678 plannen voor een verzwaring van de Laakkade *  . In 1735 werd de kade op kosten van het hoogheemraadschap verzwaard.