Toen het instituut in mei 1940 *  officieel zou worden geïnstalleerd, brak de oorlog uit, waardoor de officiële oprichting *  pas op 25 september 1940 kon plaatsvinden.

Het Instituut voor Toegepast Biologisch Onderzoek in de Natuur (verder aangeduid als ITBON) was in 1940 als een TNO-instituut ontstaan. Het was ontstaan uit het Comité ter Bestudering en Bestrijding van Insectenplagen in Bossen ("Insectenplagencomité") en het Biologisch Laboratorium "De Hoge Veluwe" *  te Hoenderloo. Het Insectenplagencomité verrichtte onderzoek op entomologisch gebied voor de praktische bosbouw. "De Hoge Veluwe" paste de ontwikkelde denkrichting op veldbiologisch gebied toe aan de Leidse universiteit. Zij waren bij de oprichting van het Instituut er beide in opgegaan en kunnen dus als zijn voorlopers worden beschouwd.

Het Insectenplagencomité en het Biologisch Laboratorium "De Hoge Veluwe" werkten op nauw verwante gebieden. Ze beschikten niet of ternauwernood over middelen om het onderzoek de uitbreiding te geven die nodig werd geoordeeld om tot goede resultaten te komen. Om deze reden zocht prof. Van Poelje in 1939 contact met de Centrale Organisatie TNO. Prof. Van Poelje was bestuurslid van "De Hoge Veluwe" in zijn kwaliteit van secretaris-generaal van het Ministerie van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen en directeur-generaal van het Onderwijs. De hieruit voortkomende besprekingen, die van de zijde van TNO voornamelijk werden gevoerd door haar secretaris-penningmeester, ir. A. de Mooy A.C. zn., leidden tot het besluit om te komen tot een nieuw TNO-instituut. Dit instituut werd genoemd Instituut voor Toegepast Biologisch Onderzoek in de Natuur, waarin het Insectenplagencomité en het laboratorium "De Hoge Veluwe" zouden samensmelten. Als oprichters worden vermeld:
Prof. dr. G.A. van Poelje,
Ir. A. de Mooy A.C. zn.,
E.D. van Dissel,
Prof. dr. C.J. van der Klaauw.

Aanvankelijk bestond het gehele personeel uit een leider van de werkzaamheden, dr. A.D. Voûte, voormalig directeur van de Stichting Nationale Park "De Hoge Veluwe", een entomoloog en een technisch medewerker.
Er werd een 'reglement' opgesteld, dat het hoofddoel als volgt omschreef: "het toegepast-biologisch onderzoek van bossen en andere houtopstanden en niet voor land- of tuinbouw bestemde terreinen".

Het instituut was tot na het einde van de oorlog gevestigd in een kleine arbeiderswoning van het Nationale Park "De Hoge Veluwe". In 1948 verhuisde het naar het landhuis Mariëndaal te Oosterbeek dat aan de Stichting "Het Gelders Landschap" toebehoorde. "De Hoge Veluwe" stelde ter beschikking het koetshuis van het afgebroken landhuis Kemperberg in plaats van "Hoenderloo" onder de benaming "Veldlaboratorium Kemperberg". In 1954 verhuisde het naar de Sylvahoeve, gelegen in Schaarsbergen (gemeente Arnhem). Het kreeg hier inwoning van het Oecologisch Onderzoek van de Koninklijke Academie van Wetenschappen.

In 1969 kwam het tot een samenvoeging met het Rijksinstituut voor Veldbiologisch Onderzoek ten behoeve van het Natuurbehoud (verder aangeduid als RIVON) en kreeg de nieuwe naam Rijksinstituut voor Natuurbeheer. Het RIVON werd in 1957 opgericht. Het onstond uit de noodzaak voor het Staatsbosbeheer meer biologisch onderzoek te verrichten, dat de grondslag moest zijn voor het overheidsbeleid inzake het natuurbehoud en het beheer van natuurreservaten. Aangezien de werkgebieden van de twee instituten nauw aaneensloten en op sommige punten samenvielen werd besloten ze samen te voegen. In mei 1971 verhuisde de vestiging Zeist, waar RIVON gehuisvestigd was, naar het Kasteel Broekhuizen te Leersum.

Op 15 oktober 1986 *  werd het gebouw op het terrein van de vestiging Arnhem dat voorheen in gebruik was bij het Instituut voor Oecologisch Onderzoek, geopend. Dit gebouw werd aangeduid als "Menthenberg", terwijl het al veel langer bij het instituut in gebruik zijnde gebouw de naam "Bakenberg" heeft gekregen.

Medio 1991 werd het instituut samengevoegd met "De Dorschkamp" Instituut voor Bosbouw en Groenbeheer tot het Instituut voor Bos- en Natuuronderzoek. Door deze samenvoeging was een sterk en geïntegreerd onderzoeksinstituut voor het aandachtsveld natuur, bos en openbaar groen ontstaan. De belangrijkste redenen voor samenvoeging waren de volgende:
samenvoeging leverde een meerwaarde op omdat er een bundeling kwam van het meer op de ecologische aspecten georiënteerd onderzoek (RIN) met het meer bedrijfsmatig georiënteerde onderzoek (Dorschkamp);
het onderzoek van beide instituten sloot goed op elkaar aan: er waren weinig doublures, maar wel veel raakvlakken.
De naam Instituut voor Bos- en Natuuronderzoek wordt tegenwoordig nog steeds gevoerd.