De organisatie van het bevrijde deel van Gelderland (zie kaart, bijlage b en bijlage c). was gebaseerd op het Legal Agreement van 16 mei 1944, voor zolang er nog sprake was van strijd/oorlogssituatie ("fase I"). Deze fase zou duren tot de capitulatie van Duitsland. Probleem was dat het zuiden van Nederland wel bevrijd was maar dat Duitsland nog niet was verslagen. Het "Legal Agreement" (voluit: "Memorandum of agreement regarding civil administration and jurisdiction in Netherlands territory liberated by an allied expeditionary force") *  hield het volgende in: Groot-Brittannië, de Verenigde Staten en de Nederlandse regering kwamen overeen:
- de volledige bevoegdheid ligt in handen van de geallieerde opperbevelhebber
- het Militair Gezag (M.G.) en de loyale plaatselijke autoriteiten verlenen advi
es en bijstand.

In de praktijk betekende dit dat de volgende instanties actief waren:

1. Het Engelse Civil Affairs Detachment 312 onder leiding van kolonel H. Rawlings. Dit was gevestigd in de Reestraat te Nijmegen en had tot taak het verzorgen van de contacten tussen de geallieerde legerleiding en de Nederlandse autoriteiten. In december 1944 werden de Engelsen afgelost door het Eerste Canadese Leger.

2. De organen van het Militair Gezag. Het Militair Gezag was door de Nederlandse regering in Londen bij Koninklijk Besluit d.d.19 juli 1944 ingesteld met vergaande bevoegdheden om na de bevrijding van Nederland een gezagsvacuum te voorkomen. Dit hield in:
- het verzorgen van de contacten tussen de plaatselijke overheden en de geallieerde legerleiding via het Engelse "Civil Affairs Detachement 312"
- het herstel en de handhaving van de veiligheid
- het algemeen bestuur in afwachting van de terugkeer van de Nederlandse regering.
Het Militair Gezag viel onder het Ministerie van Oorlog en was verantwoording schuldig aan de regering. Het werd (eerst vanuit Brussel en vanaf maart 1945 vanuit Breda) geleid door de Chef Staf generaal-majoor mr. H.J. Kruls. Voor het bestuur van het bevrijde gebied had de regering Nederland verdeeld in elf Provinciale Militaire Commissariaten (PMC), elk opgesplitst in een aantal Districts Militaire Commissariaten (DMC). In Gelderland ware
n dat er zeven. * 

3. De (tijdelijke) gewone burgerlijke overheidsorganen. Deze moesten echter wel gezuiverd worden. Daartoe waren door de Nederlandse regering in Londen diverse besluiten genomen (de zogenaamde "Herstelwetgeving") o.a.:
- "Besluit Tijdelijke Voorziening Bestuur Provinciën en Gemeenten (E 86)": personen die op 10 mei 1940 burgemeester waren, werden weer in hun ambt hersteld; bij ontslag, schorsing of staking werden zij door die wethouders vervangen die ook op 10 mei 1940 als vervangers waren opgetreden. Voor het vervullen van het ambt van Commissaris der Koningin bepaalde de Kroon of de vroegere Commissaris kon aanblijven of dat een waarnemer zou worden aangewezen.
- "Besluit Tijdelijke Voorziening Provinciale Staten en Gemeenteraden (E 119)":
zij die op 10 mei 1940 lid waren van de Provinciale Staten of gemeenteraden en het vertrouwen van de bevolking hadden behouden werden weer tot leden aangewezen. Dit besluit werd echter ingetrokken zodat er in het bevrijde zuiden
geen provinciale en gemeentelijke lichamen zijn geweest.

In wezen waren de omstandigheden in de periode september-april van dien aard dat de competenties allerminst helder afgebakend waren, zodat feitelijk onduidelijkheid over ieders bevoegdheden bestond. * 

Kort na de bevrijding van Nijmegen arriveerden achtereenvolgens als Districs Militair Commissaris (DMC) majoor ir. A.F.G. Blaauw en als Provinciaal Militair Commissaris (PMC) in Gelderland: majoor mr. H. van Everdingen. Deze vestigde zijn bureau in het kantoor van de chocoladefabriek van Van Dungen, waar ook de tijdelijke provinciale griffie zetelde (aangegeven met een bord "provinciale griffie" omdat men een bord met "provinciaal bestuur" te veel vond suggereren *  . Blaauw installeerde zich in het gebouw van de St.Anna-stichting te Nijmegen.

Met ingang van 17 oktober 1944 benoemde de PMC de gedeputeerde mr. E.H.J. van Voorst tot Voorst tot waarnemend Commissaris der Koningin, aangezien noch CdK Van Heemstra noch zijn bij ministeriële beschikking aangewezen plaatsvervanger aanwezig waren om de functie te vervullen. *  Na een crisis binnen het Gelderse Militair Gezag verving H.J. Kruls de PMC Van Everdingen met ingang van 1 december 1944. Naast DMC voor Nijmegen werd A.F.H. Blaauw ook PMC.

Over inrichting en werking van het tijdelijk provinciaal bestuur valt het volgende te zeggen. Nagenoeg het gehele personeel en het archief van de provinciale griffie bevonden zich in bezet gebied. Het vinden van nieuw en deskundig personeel bleek lastig. Uiteindelijk bestond het merendeel uit tijdelijke krachten van zeer verschillende herkomst. Meubilair, schrijfmachines en andere kantoorbenodigdheden werden geleend of gehuurd. Het secretariaatswerk werd vanaf eind oktober verricht door mejuffrouw mr. G.B. Leppink. *  Op 23 december 1944 werd zij door de waarnemend Commissaris der Koningin benoemd tot waarnemend griffier. Naast de gewone provinciale taken zoals bv. toezicht op de gemeentelijke financiën kreeg ook deze griffie te maken met allerlei bijzondere taken en problemen. Het archief bevat vele circulaires, verordeningen en richtlijnen afkomstig van Militair Gezag of regering die weer moesten worden doorgezonden a
an burgemeesters In de zogenaamde burgemeestersvergaderingen, voorgezeten door de waarnemend CdK, werden deze zaken nog eens doorgesproken. Daarbij kwamen nog de typische oorlogsproblemen als de opvang van oorlogsslachtoffers, evacués en repatrianten, schaarste en distributie, gebrekkige verbindingen.

Vanaf april 1945 ontstond een nieuwe fase door de bevrijding van de rest van Gelderland en de Duitse capitulatie. Naarmate de bevrijding vorderde ging de bemoeienis van het provinciaal bestuur zich verder uitstrekken. Dit werd georganiseerd door in Doetinchem voor het werk ten oosten van de IJssel een hulpgriffie in te richten (in werking tot 23 juli 1945). Chef was H.A.F. Bergmans. De waarnemend CdK hield hier eens per week spreekuur. Het archief bevat doorslagen van brieven die in Doetinchem zijn opgesteld en ter kennisgeving naar Nijmegen zijn gezonden.

Vanaf mei werd er gewerkt aan de terugkeer van het provinciaal bestuur naar Arnhem en de normalisering van de werking ervan. De griffie in Nijmegen werd meer en meer hulpgriffie. Op 9 juni 1945 werd, naast G.B. Leppink als waarnemend griffier van de tijdelijke hulpgriffie te Nijmegen aangesteld J.V. Rijpperda Wierdsma. Vanaf april was J.J.L. van Heest loco-griffier te Arnhem. Op 27 juni 1945 keerde S. van Heemstra terug als CdK. Blijkens een notitie in het archief van GS zijn "er vanaf 18 september 1944-23 juli 1945 geen notulen gemaakt wegens evacuatie van Arnhem gedurende dit tijdperk". *  Toch werden al in juni brieven ondertekend door Gedeputeerde Staten.

Na een korte periode in het internaat "Sacré Coeur" aan de Velperweg betrok het provinciaal bestuur op 1 augustus 1945 de huizen Eusebiusbuitensingel 4-9 te Arnhem.