Bij de oprichting van GKN werden drie Colleges van Bestuur ingesteld: de Commissie van Advies, de Raad van Commissarissen en de Raad van Toezicht. Daarnaast was er de Algemene Vergadering van Aandeelhouders. De directie van GKN stond onder toezicht van de Raad van Commissarissen en de Raad van Toezicht. GKN vormde tezamen met de KEMA, Sep, VEEN (Vereniging van Exploitanten van Elektriciteitsbedrijven in Nederland) en VDEN (Vereniging van Directeuren van Elektriciteitsbedrijven in Nederland), de 'Arnhemse Instellingen' van de elektriciteitsbedrijven. Deze organisaties hadden een gemeenschappelijke directie. De directie van GKN was verantwoordelijk voor de veiligheid van de centrale. Het hoofd van de kernenergiecentrale was verantwoordelijk voor de veilige exploitatie van de centrale en direct verantwoording schuldig aan de directie van GKN.

De doelstelling van GKN en de van toepassing zijnde nucleaire regelgeving brachten met zich mee dat er een hiërarchische organisatievorm is gegroeid. In de beginperiode waren de activiteiten van GKN beperkt tot de bedrijfsvoering en het onderhouden van de centrale. De organisatievorm en het personeelsbestand waren daarop afgestemd. Alle niet-technische activiteiten, zoals de administratie, personeelsbeleid, financiële zaken en juridische zaken, werden bij KEMA ondergebracht. KEMA verzorgde ook specialistische werkzaamheden op nucleair gebied; als ondersteuning van de bedrijfsvoering van GKN en om de kennis en ervaring bij KEMA uit te breiden.

In de loop van de jaren zeventig werd het personeelsbestand als te krap ervaren. Met ingang van oktober 1979 werd er een reorganisatie doorgevoerd (zie bijlage 6.2). Er werden drie secties geformeerd: Bedrijfsvoering, Technisch Onderhoud en Fysica en Beproevingen. De nieuw geformeerde Algemene Dienst omvatte een verzameling van deeltaken die functioneel niet onder één van de secties vielen.

De voortschrijdende technische ontwikkelingen en de aanscherping van de veiligheidsnormen leidden tot verdere aanpassingen. Voorbereiding en uitvoering van werkzaamheden werden organisatorisch gesplitst om de kwaliteit van het werk te verhogen en de stralingsdoses te verminderen. De nieuwe groep Opleiding verzorgde de scholing en hertraining. Er werd een kwaliteitssysteem opgezet waarvoor de functie Hoofd Kwaliteitszorg werd gecreëerd.

In 1989 wijzigde de positie van GKN fundamenteel omdat de nieuwe Elektriciteitswet het voor GKN niet langer mogelijk maakte als zelfstandig productiebedrijf te blijven bestaan. Sep nam GKN over en werd de enige aandeelhouder van GKN. De Raad van Commissarissen werd opgeheven en het College van Advies kwam in de plaats van de Commissie van Advies en de Raad van Toezicht. Veel taken die KEMA vroeger verrichtte (zoals personeelszaken, financiële administratie en contacten met de media), nam Sep over. GKN breidde de groep Fysica en Beproevingen uit om alle fysische berekeningen en testen, nodig voor een goede bedrijfsvoering, in eigen beheer en onder eigen verantwoordelijkheid uit te voeren. Naast de bestaande groepen Wacht, Opleiding en Bureau Bedrijfsvoering werd in 1992 de Stafgroep Bedrijfsvoering (SBV) geformeerd die een adviserende en ondersteunende taak bij de bedrijfsvoering kreeg.

Sinds de inbedrijfstelling van de installatie beoordeelde een onafhankelijke commissie van deskundigen de veiligheidsaspecten van de nucleaire veiligheid en de stralingsbescherming. In het begin van de zeventiger jaren werd een tweede veiligheidscommissie ingesteld, bestaande uit bedrijfspersoneel. Deze werd de 'Interne Reactorveiligheidscommissie Dodewaard' (IRVCD) genoemd, ter onderscheiding van de eerste commissie, de 'Externe Reactorveiligheidscommissie Dodewaard' (ERVCD). In de Kernenergiewetvergunning van 1988 werden voorschriften opgenomen waarin zowel de IRVCD als de ERVCD verplicht werden gesteld. In 1990 werd de Storingsevaluatiecommissie (STEC) opgericht met het doel de eigen storingen te evalueren en gebeurtenissen in andere kernenergiecentrales te beoordelen om op grond daarvan eventuele voorzorgsmaatregelen te nemen.

De Kernenergiewet van 21 februari 1963 regelde de wettelijke inkadering voor kernenergie. In deze wet werden drie ministers speciaal met het verlenen van vergunningen en het toezicht op naleving van de wet belast: de ministers van Sociale Zaken en Werkgelegenheid (SZW), Volksgezondheid, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer (VROM) en Economische Zaken (EZ). Inspecteurs van de respectievelijke ministeries bezochten GKN regelmatig voor controle. De Kernfysische Dienst (KFD), een onderdeel van het Directoraat-Generaal van de Arbeid (SZW), later bij VROM ondergebracht, volgde de bedrijfsvoering. In opdracht van de regering organiseerde de KFD diverse inspecties (audits) naar het veilig functioneren van de KCD, waaronder de OSART-inspectie. In overleg met de toezichthoudende instanties zijn voorwaarden vastgelegd waaraan de kernenergiecentrale Dodewaard moest voldoen. De Technische Specificaties beschreven de voorwaarden waaraan systemen, onderdelen van systemen en de organisatie van het bedrijf moesten voldoen om de centrale zodanig te kunnen bedrijven dat de veiligheid van personeel, omwonenden en het milieu gewaarborgd was. In diverse handboeken werd de uitvoering van min of meer routinematige taken omschreven. Om aan de veiligheids- en bedrijfseisen te kunnen voldoen waren de organisatorische, personele en administratieve voorzieningen overeenkomstig de Nucleaire Veiligheidsregels (NVR). Deze Nederlandse regels waren gebaseerd op de 'Codes' en de 'Safety Guides' van het IAEA. GKN was verplicht om uitzonderlijke gebeurtenissen die van belang waren voor de veilige bedrijfsvoering te melden aan diverse overheidsinstanties. In overleg met de overheid werd een geformaliseerde werkwijze voor het evalueren van storingen ontwikkeld.