De taak van het polderbestuur omvatte voornamelijk de zorg voor goede waterlossing en de kering van buitenwater. De watergangen gelegen in de polder werden onderhouden door de aangelande geërfden onder de schouw van de heemraden. Dit betrof de Eerste-, Tweede- en Derde Zeldertse weteringen (geteld vanaf het zuiden noordwaarts), die samenkwamen in de Neerzeldertse- of Wijde wetering op de grens van de polders Eemland en De Slaag, en vanaf 1651 ook de opgaande sloten. Het onderhoud van de werken gelegen buiten de grenzen kwam ten laste van de polder. Dit waren de Neerzeldertse wetering, de Zeldertse sluis en (gedeeltelijk) de watermolen.

Blijkens de kaart van het hoogheemraadschap van 1666 *  stond de molen niet direct aan de Eem, maar op een plaats iets ten westen van de uitmonding van de wetering van Zuid-Eemland in de Neerzeldertse wetering. De eerste molen werd opgericht in 1492. In 1659 werden de molens van De Haar en Neerzeldert vernieuwd en het beheer werd toen opgedragen aan enkele heemraden van beide polders gezamenlijk. Na 1694 blijkt de molen van De Haar te zijn verdwenen *  . In het resolutieboek van heemraden en geërfden van Neerzeldert is na 1683 geen verwijzing naar de molen meer te vinden. Alleen is er in 1710 sprake van het planten van wilgen op de molenwerf *  .

In de 19e eeuw werd pas weer aan bemaling gedacht, eerst in 1872/1873 in combinatie met De Haar *  . Dat ging evenwel niet door en vanaf 1877 werd de oprichting van een stoomgemaal overwogen in samenwerking met de waterschappen De Slaag, Eemland en Overzeldert. Hiertoe werd in 1884 het waterschap De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering opgericht. Vooruitlopend hierop was het stoomgemaal in 1883 alvast gebouwd door het bestuur van De Slaag *  . Neerzeldert droeg in 1885 het beheer en onderhoud van de Zeldertse sluis over aan het nieuwe bemalingswaterschap. De sluis was in 1870 vernieuwd, maar na de oprichting van het stoomgemaal was de doorlaatopening te klein geworden. Na de overdracht werd de sluis veranderd in een brug *  .

Bij het onderzoek naar de verbetering van de weteringen in de waterschappen De Haar en De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering, uitgevoerd door het rijksbureau voor de ontwatering in opdracht van dijkgraaf en hoogheemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk in 1923 - 1924, waren uiteraard ook de weteringen in Neerzeldert betrokken. De daaruit voortgekomen werken werden bekostigd door het hoogheemraadschap, evenals de elektrificatie van het gemaal op de Zeldertse wetering in 1926 *  . In 1928 werd de afwatering van het waterschap De Hond eveneens op kosten van het hoogheemraadschap verbeterd en mede gebracht op de Eerste- en Tweede Zeldertse weteringen naast die op de Haarse wetering. De waterlossing van Overzeldert werd tegelijkertijd verbeterd door de aanleg van een duiker door de Zeldertseweg in aansluiting op een tochtsloot naar de Eerste Zeldertse wetering (Polwetering) *  .

Het buitenwater werd (behalve door de Haarse Lodijk) uit de polder Neerzeldert gehouden door de Werfdijk, de Zeldertseweg en de Slaagseweg. Laatstgenoemde weg werd in 1652 aangekocht door de heemraden van Neerzeldert van die van De Haar *  . In de 19e eeuw nam het belang van de weg uit verkeersoogpunt toe. In 1871 besloten de ingelanden een bijdrage in de kosten van verharding van de weg te verlenen (uitgevoerd in 1873) en het onderhoud van het gedeelte van de weg vanaf de brug over de Overzeldertse wetering (de Martjesbrug) tot de Zeldertse sluis ten laste van het waterschap te brengen. Het hoogheemraadschap verleende een subsidie in de kosten van bestrating. In de jaren daarna liet de toestand van de weg echter ondanks herhaalde reparaties te wensen over blijkens vele aanschrijvingen van Gedeputeerde Staten van Utrecht. De weg liep 's-winters gewoonlijk geheel of gedeeltelijk onder water en bovendien was de ondergrond slecht *  .

In 1908 stelde het bestuur een straatwerker aan. Inmiddels was in 1892 ook besloten tot bestrating van de Zeldertseweg (op kosten van het hoogheemraadschap) en overname van de onderhoudslast van die weg door het waterschap Neerzeldert, met jaarlijkse bijdragen van De Hond, Overzeldert (tot 1903) en de gemeente Hoogland. Deze weg was al sinds de middeleeuwen eigendom van de polder *  . Hij werd onderhouden door de aangelanden.

De Werfdijk vormde de waterkering langs de polder De Hond. In 1717 is sprake van de inloop van water uit De Hond, Eemland en de Borgermaten, waartegen door de geërfden van Neerzeldert maatregelen werden genomen, maar ook werd weleens door De Haar en De Hond geklaagd over de inloop van water uit Neerzeldert in De Hond, dat daarna weer geloosd moest worden door de Haarse wetering (zo in 1880, 1882 en 1922) *  .

De toestand van de Vudijk (die onder de schouw van Neerzeldert viel) leidde in de 17e en 18e eeuw herhaaldelijk tot problemen. De Vudijk maakte deel uit van de ring van het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk. Dijkgraaf en heemraden hadden echter regelmatig grote moeite om het goede onderhoud ervan af te dwingen. De dijk werd door aangelande geërfden eigenmachtig verlegd, afgegraven of men liet na gaten te herstellen. Pogingen van het dijkbestuur om de heemraden van Neerzeldert als schouwvoerend bestuur het herstel te laten bewerkstelligen, hadden niet veel resultaat *  .

Behalve voor de Neerzeldertse sluis was de polder ook onderhoudplichtig voor de daaraangrenzende gedeelten van de Slaagse dijk. Het dijkbestuur van de Veen- en Veldendijk oefende daarop een recht van toezicht uit (dat echter in de 19e eeuw een wankele basis bleek te hebben) op grond waarvan de heemraden van Neerzeldert een enkele maal werd aangezegd de sluis te vernieuwen (in 1679) of de aangrenzende dijk te verzwaren (in 1817, maar toen niet doorgegaan) *  .

Het was overigens niet altijd de bedoeling het water uit de polders te houden. In 1670 werd besloten om in de komende winter het water in De Haar, De Slaag, Over- en Neerzeldert, De Hond, de Borgermaten en een deel van Eemland vast te houden, mede om de muizenplaag te bestrijden *  .