Op verschillende tijdstippen werden de stukken uit dit archief van titels en nummers voorzien. Van de verschillende indertijd opgemaakte lijsten zijn bewaard gebleven:
I. Een omslag, bij de afsluiting van het archief (ca. 1806) betiteld als "Verscheydene inventarissen van segulsende brieven, geschriften ende minuten, gehorende tot den huijse Swanenburgh", Inv.no. 236. Hierin komen voor:
1. "Inventaris van brieven, schriften ende munimenten, rakende op den huijse Swanenburgh met sijn toebehoren, berustende op den huijse Soelen *  , ter Secretarie aldaer". Deze lijst noemt leenbrieven, rekeningen, kwitanties, brieven, koopacten en niet nader genoemde "pampieren", alle voorzien van letters, A-Z en AA-QQ, 41 stukken in totaal. Hiervan is alleen P, Inv.no. 44 terug te vinden.
2. Fragment van een lijst met het opschrift "In een lange Kist kommen als volgt." Hierin staan vernoemd koopacten en "packetten", genummerd N 114 - N 133. Uit de nummering van deze lijsten zijn nu nog terug te vinden: 3, 5, 7-11, 13, 15, 17-20, 22, 25-27, 29-32, 34-39, 41-44, 46-48, 50, 51, 54-59, 62, 63, 67, 69, 71, 73, 75, 79, 80, 84 en 86. De nummers N 114 - N 133 zijn niet meer aanwezig en ook de daaraan voorafgaande stukken zijn niet meer aanwezig. Het enige verband tussen al deze stukken was hun toevallige opberging.
II. Een omslag getiteld "Inventaris van obligatiën ende andere pampieren gelegen ende gevonden int kastien van mameren sale". Ook hier was de opberging het enige verband. Sommige stukken zijn genummerd 1-13; in totaal staan 34 stukken genoemd. Hiervan konden nog worden geïdentificeerd:
A: inv.nr. 217, B: inv.nr. 3, C: inv.nr. 17, E: inv.nr. 27, G: inv.nr. 6, H: inv.nr. 7, M: inv.nr. 8, Q: inv.nr. 65, BB: inv.nr. 4, CC: inv.nr. 58, DD: inv.nr. 140, LL: inv.nr. 156, OO: inv.nr. 140 en PP: inv.nr. 140.

Er moet nog een vierde lijst hebben bestaan, aangezien er nog een serie letters voorkomt op enkele stukken, die in bovengenoemde lijsten niet zijn te vinden. Van deze zijn alleen overgebleven: B. inv.nr. 193 en C. inv.nr. 16.
De meest uitgebreide nummering, waarvan waarschijnlijk nooit een lijst is opgemaakt - de titels werden alleen op de omslagen geschreven - zal gemaakt zijn bij de afsluiting van het archief: alle overgebleven stukken zijn immers op deze wijze van nummers en titels voorzien.
Deze nummers lopen in verschillende series: 1, 1aa, 11bb etc. tot 60 toe. Enig verband dan naar de plaats van opberging blijkt niet te bestaan. Toch werden blijkbaar dossiers gevormd, met name naar de verschillende eigenaren van de heerlijkheid, waardoor stukken van verschillende aard werden verenigd; deze orde is vooral in de tweede afdeling van de inventaris aangehouden.
Noch een systematische noch een chronologische orde heeft overigens bestaan. De leenbrieven zijn bijvoorbeeld genummerd in de oude beschrijving 29, 50bb, 36bb, 8bb etc.; het oudste stuk, de lijst van goederen van Reynolt van Aeswiin, daterend uit 1403, is ondergebracht onder nr. 13. Wel blijkt uit deze nummering, dat een vrij groot aantal stukken verloren moet zijn gegaan. Zo ontbreken de stukken genummerd 16cc-16p, 17cc-17u etc. Het is onmogelijk zelfs maar een globale schatting te maken van het aantal verloren stukken, omdat niet is na te gaan of bij elke serie de letters tot z toe doorliepen, of slechts in enkele gevallen.

Omdat uit niets blijkt, dat een ander systeem van ordening dan naar de vrij willekeurige opberging heeft bestaan, was alleen een indeling naar de aard van de stukken mogelijk, waarbij wel zoveel mogelijk de dossiers intact werden gelaten. Eén afdeling bevat alle stukken betreffende de heerlijkheid; een tweede alle bescheiden aangaande de verschillende families in het persoonlijke aangelegenheden.
Achtereenvolgens was de Swanenburg eigendom van de families Aeswiin, Raesfelt, Vijgh, Van Els en Van Lijnden; het bleek niet altijd mogelijk een indeling naar deze families streng door te voeren, aangezien ook andere namen tegelijkertijd in het archief voorkomen. Zo zijn bijvoorbeeld de stukken, ingekomen bij Gijsberta van Aeswiin, inv.nr. 213, in de rubriek Van Raesfelt ondergebracht, die in de betroffen jaren op de Swanenburg zetelde.
Voor de bijgevoegde regestenlijst is ca. 1600 als afsluiting genomen; de stukken van na deze datum bestaan voor het overgrote deel niet meer uit charters.