Vanaf 1576 heeft de Landdag een aantal keren gedeputeerden aangewezen als een soort dagelijks bestuur voor het hele gewest, zoals dat ook elders in de Republiek bestond. Door diverse oorzaken, zoals competentiegeschillen met het Hof, waren de pogingen tot mislukking gedoemd. Na de opheffing van het laatste gemeenschappelijke college, dat van 1585–1586 heeft bestaan, ontstonden in de kwartieren van Nijmegen en Zutphen afzonderlijke gedeputeerdencolleges. Er was behoefte aan een meer permanent bestuursorgaan dat routinezaken sneller kon afhandelen. In Veluwe, waar geen oorlogssituatie heerste, bestond zo’n college al vanaf 1580. Heroprichting van een gezamenlijk college van Gedeputeerde Staten is nooit meer gelukt.
De taken van de colleges van Gedeputeerde Staten, zoals vermeld in de instructie, betroffen hoofdzakelijk:
1 Uitvoering van besluiten van de Staten Veel besluiten van de Staten moesten door de Gedeputeerden worden uitgevoerd. Ze droegen ook de zorg voor de series landdags- en kwartiersrecessen en moesten uittreksels uit besluiten zenden aan de betrokkenen.

2 Generale middelen De Gedeputeerden moesten zorgen voor voldoende belastingopbrengst uit de generale middelen, waaruit de bijdrage aan de generaliteit kon worden voldaan. Ze regelden de invordering van de belastingen, die deels rechtstreeks (bij collecte) werden geïnd, deels werden verpacht. Ze stelden daartoe één of meer ontvangers(-generaal) aan. Onder deze ontvangers ressorteerden de lokale ontvangers in de steden en ambten. De ontvangers moesten rekening en verantwoording afleggen aan Gedeputeerde Staten. Tevens fungeerden ze als betaalkantoren voor ordonnanties (betalingsmandaten) uitgevaardigd door de gedeputeerden. De gedeputeerden waren aanwezig bij de verpachting van de daarvoor in aanmerking komende middelen door de ontvangers en ze controleerden de borgstelling van de pachters. Men probeerde te voorkomen dat het kwartier schade zou lijden door onzorgvuldig beheer of faillissement. Over alle vergrijpen of geschillen inzake de middelen werd in eerste instantie door Gedeputeerden recht gesproken.

3 Geestelijke goederen De bezittingen van kerken en kloosters zijn na de reformatie onder het bestuur van de wereldlijke overheid gekomen. Bij landdagsbesluit van 29 november 1581 waren deze bezittingen onttrokken aan hun bestemming ten behoeve van de rooms-katholieke eredienst en het onderhoud van ambtsdienaars. Voortaan werden de opbrengsten gebruikt voor de instandhouding van de Gereformeerde kerk en het onderwijs. De gedeputeerden moesten bijvoorbeeld in de gaten houden of de verstrekte studiebeurzen wel vruchten afwierpen. Slecht presterende alumni werden uit de boeken geschrapt.
4 Militaire aangelegenheden Ieder kwartier betaalde een deel van het leger van de Republiek en had derhalve zeggenschap over een aantal regimenten. Deze regimenten stonden ‘ter repartitie’ van het kwartier. Gedeputeerde Staten regelden de uitbetaling van de soldij en behandelden klachten van burgers over militairen.
5 Rechtspraak De Gedeputeerden hadden in een aantal gevallen justitiële bevoegdheden: bij vergrijpen of geschillen inzake de middelen, in zaken waarbij functionarissen van het Kwartier q.q. waren betrokken, bij klachten over militairen en in incidentele gevallen op aanwijzing van de Staten.

De gedeputeerdencolleges in Gelderland kunnen niet worden beschouwd als dagelijks bestuur, zoals in de andere gewesten. Hun taak was beperkt tot datgene wat hun door de Staten opgedragen was. Besluiten voorbereiden mochten ze alleen als de Staten uitdrukkelijk hun advies wensten. Ingekomen rekesten konden ze lang niet altijd zelfstandig afdoen. Dat hun taken minder ver gingen dan in de andere provincies kwam doordat het Hof belangrijke niet-justitiële bevoegdheden had behouden: het bijeenroepen van de Landdag, het voeren van de briefwisseling namens de Staten van Gelre en Zutphen, de uitvoering van landdagsbesluiten en het doen van de propositie aan de Landdag. In de kwartieren was bijeenroeping en voorbereiding van de kwartiersvergaderingen een taak van de hoofdsteden, niet van Gedeputeerde Staten. De late en moeizame ontstaansgeschiedenis van de colleges van Gedeputeerde Staten is daar debet aan.
Als de Landdag vergaderde, werden de Gedeputeerde Staten van het kwartier waarin de vergadering plaatsvond aangeduid als Praesidiale Kamer. In briefwisseling met instanties buiten het gewest trad de Praesidiale Kamer soms op als Gedeputeerde Staten van de provincie *  .
In elk kwartier bestond het college (uiteindelijk) uit zes ordinaris gedeputeerden, drie uit de steden en drie uit de Ridderschap, en zes extra-ordinaris gedeputeerden. De laatste hadden een taak bij het afhoren en sluiten van de rekeningen der ontvangers. Instructies zijn overgeleverd uit 1593, 1597, 1605, 1625 en 1749. De Gedeputeerden gebruikten het geheime zegel van de hoofdstad, net als de Staten.